MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_cp32-9

Total Repeats: 208

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017402	TAA	2	6	46	51	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017402	GT	3	6	66	71	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017402	AAAAC	2	10	81	90	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017402	T	6	6	135	140	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017402	AGA	2	6	164	169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017402	TGC	2	6	200	205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017402	TAT	2	6	272	277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017402	AAC	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017402	CAA	2	6	449	454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017402	AT	3	6	504	509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017402	ATTT	3	12	573	584	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017402	TAGAAA	2	12	598	609	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017402	T	6	6	629	634	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017402	CT	3	6	675	680	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017402	CAA	2	6	685	690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017402	CTT	2	6	691	696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017402	AAT	2	6	718	723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017402	TCT	2	6	745	750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017402	T	6	6	750	755	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017402	TTA	2	6	817	822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017402	AAT	2	6	856	861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017402	TTA	2	6	905	910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017402	AGG	2	6	932	937	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017402	ATTA	2	8	945	952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017402	ATG	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017402	ATT	2	6	1049	1054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017402	GAA	2	6	1162	1167	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017402	AGT	2	6	1231	1236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017402	TAA	2	6	1242	1247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017402	GAG	2	6	1249	1254	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017402	ATT	2	6	1275	1280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017402	AAGAG	2	10	3409	3418	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017402	T	6	6	3507	3512	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017402	ATC	2	6	3556	3561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017402	TGG	2	6	3653	3658	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017402	GAT	2	6	3663	3668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017402	AAT	2	6	3732	3737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017402	TAG	2	6	3751	3756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017402	TAA	2	6	3797	3802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017402	TTTA	2	8	3895	3902	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017402	GTAA	2	8	3933	3940	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017402	GGA	2	6	3957	3962	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017402	TAG	2	6	6757	6762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017402	ATT	2	6	6768	6773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017402	TAA	2	6	6814	6819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017402	TGC	2	6	6823	6828	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017402	TAA	2	6	6856	6861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017402	GAAAA	2	10	6921	6930	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017402	A	6	6	6927	6932	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017402	T	6	6	6958	6963	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017402	GAA	2	6	6974	6979	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017402	TTTA	2	8	7001	7008	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017402	A	7	7	7030	7036	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017402	AC	3	6	7054	7059	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017402	TGT	2	6	7063	7068	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017402	TTA	2	6	7071	7076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017402	GAT	2	6	7097	7102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017402	GAT	2	6	7121	7126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017402	T	7	7	7152	7158	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017402	AGAA	2	8	7221	7228	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017402	TAA	3	9	7245	7253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017402	GCTG	2	8	7335	7342	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017402	TTG	2	6	7352	7357	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017402	CTT	2	6	7408	7413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017402	AAG	2	6	7448	7453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017402	TA	3	6	7501	7506	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017402	A	6	6	7506	7511	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017402	ATT	2	6	7519	7524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017402	TTA	2	6	7529	7534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017402	ATA	2	6	7660	7665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017402	TAC	2	6	7773	7778	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017402	ATTT	2	8	8499	8506	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017402	TTA	2	6	8508	8513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017402	TTG	2	6	8525	8530	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017402	AAT	2	6	8532	8537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017402	A	6	6	8580	8585	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017402	TGAG	2	8	8603	8610	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017402	AAT	2	6	8617	8622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017402	TCA	2	6	8692	8697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017402	AAT	2	6	12476	12481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017402	TAA	2	6	12496	12501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017402	TTG	2	6	12513	12518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017402	TGA	2	6	12526	12531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017402	CTC	2	6	12588	12593	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_017402	GGACT	2	10	12599	12608	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017402	A	6	6	12655	12660	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017402	AACTT	2	10	12684	12693	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017402	TAA	2	6	12699	12704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017402	ACT	2	6	12713	12718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017402	ACA	2	6	12726	12731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017402	CA	3	6	12735	12740	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017402	T	9	9	12746	12754	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017402	TA	3	6	15128	15133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017402	TAAAAA	2	12	15143	15154	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017402	ATA	2	6	16481	16486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017402	CTA	2	6	17008	17013	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017402	AT	3	6	17025	17030	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017402	ATA	2	6	17039	17044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017402	TAA	2	6	17068	17073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017402	TAA	3	9	17090	17098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017402	A	7	7	17097	17103	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017402	CA	3	6	17748	17753	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017402	ATT	2	6	17769	17774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017402	AGC	2	6	17783	17788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017402	TCC	2	6	18770	18775	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_017402	TAA	2	6	18788	18793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017402	TA	3	6	18801	18806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017402	CTT	2	6	18827	18832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017402	A	6	6	18836	18841	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017402	A	6	6	18936	18941	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017402	TAC	2	6	18953	18958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017402	GTA	2	6	18966	18971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017402	TAA	2	6	19044	19049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017402	T	7	7	19063	19069	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017402	AAATA	2	10	21555	21564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017402	TAA	2	6	22760	22765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017402	TA	3	6	22771	22776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017402	T	6	6	22801	22806	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017402	TTTTA	2	10	22830	22839	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017402	AAT	2	6	22850	22855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017402	AAAT	2	8	22903	22910	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017402	TTA	2	6	22929	22934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017402	TATT	2	8	22967	22974	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017402	ATA	2	6	22975	22980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017402	AAT	2	6	23004	23009	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017402	ATATGT	2	12	23021	23032	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017402	A	8	8	23038	23045	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017402	A	7	7	23058	23064	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017402	T	7	7	23124	23130	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017402	A	6	6	23144	23149	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017402	TATT	2	8	23181	23188	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017402	GGA	2	6	23202	23207	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017402	A	6	6	24550	24555	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017402	A	7	7	24558	24564	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017402	AAGTAA	2	12	25851	25862	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017402	TGCA	2	8	25937	25944	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017402	AGG	2	6	25958	25963	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017402	TAA	2	6	25968	25973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017402	GTG	2	6	25996	26001	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017402	AAGA	2	8	26005	26012	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017402	AT	3	6	26029	26034	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017402	AATTT	2	10	26049	26058	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017402	AGT	2	6	26086	26091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017402	GA	3	6	26104	26109	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017402	TA	3	6	26176	26181	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017402	ATT	2	6	26204	26209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017402	GTT	2	6	27898	27903	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017402	T	7	7	27905	27911	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017402	TTTA	2	8	27997	28004	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017402	TA	3	6	28003	28008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017402	ATG	2	6	28021	28026	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017402	TA	3	6	28061	28066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017402	A	7	7	28074	28080	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017402	A	6	6	28136	28141	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017402	A	6	6	28163	28168	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017402	TAA	2	6	28181	28186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017402	T	7	7	28202	28208	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017402	GAAAA	2	10	28242	28251	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017402	A	6	6	28248	28253	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017402	A	7	7	28260	28266	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017402	AAGG	2	8	28297	28304	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017402	TTTG	2	8	28363	28370	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017402	ATA	2	6	28387	28392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017402	ATTTT	2	10	28447	28456	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017402	TAT	2	6	28468	28473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017402	ATGA	2	8	28504	28511	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017402	AGC	2	6	28604	28609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_017402	AAG	2	6	28654	28659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017402	TAA	2	6	28681	28686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017402	CAAA	2	8	29318	29325	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
171	NC_017402	ACA	2	6	29333	29338	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_017402	AAAT	2	8	29356	29363	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017402	AT	3	6	29373	29378	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017402	TTC	2	6	29401	29406	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_017402	AATT	2	8	29407	29414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017402	GAA	3	9	29426	29434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017402	A	7	7	29451	29457	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017402	AAT	2	6	29480	29485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_017402	AGA	2	6	29490	29495	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017402	TAA	2	6	29596	29601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017402	TAT	2	6	29605	29610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017402	CTT	2	6	29672	29677	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_017402	AT	3	6	29713	29718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_017402	GGA	2	6	29750	29755	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017402	AGG	2	6	29847	29852	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017402	TAT	2	6	29884	29889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017402	ATC	2	6	29907	29912	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_017402	ATA	2	6	29943	29948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017402	TA	3	6	30048	30053	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017402	AGCA	2	8	30082	30089	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
192	NC_017402	AAAT	2	8	30108	30115	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017402	TGA	2	6	30121	30126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017402	TGA	2	6	30214	30219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017402	TAT	2	6	30224	30229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_017402	TAT	2	6	30271	30276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_017402	ATA	2	6	30339	30344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_017402	TGG	2	6	30355	30360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
199	NC_017402	ATA	2	6	30390	30395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
200	NC_017402	TAA	2	6	30436	30441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_017402	AAC	2	6	30454	30459	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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207	NC_017402	TGT	2	6	30600	30605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
208	NC_017402	AG	3	6	30617	30622	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.